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Jens Wagner (* 31. März 1969) war ein deutscher Fußballspieler und Fußballtrainer.

Er spielte bei der FSV Lokomotive Dresden und von 1990 bis 1992 beim Dresdner SC. Er war in der Saison 1990/1991 kurzzeitig Mitarbeiter der Geschäftsstelle der Abteilung Fußball des DSC. 2001 kehrte er zum DSC zurück. Vom 1. Juli 2004 bis zum 28. März 2005 war er Trainer der 1. Mannschaft des DSC.

Jens Wagner ist der Sohn von Bernd Wagner.